其站內規(guī)模為2臺6線，客流流動方向為下進下出，車站接發(fā)列車日均約60列。由于原有的昌圖站老站房由于候車室容量�。▋H有50余座椅，站房仍為1894年修建）遠不滿足昌圖站實際需求，致使大部分旅客均在室外候車，2003年，昌圖站站房及站內股道改造工程啟動，2004年初，昌圖站新站房正式投入使用。2006年5月，京哈鐵路昌圖-雙廟子-四平區(qū)間開始大改造，由原有的“S型”展線改為直線段，整個線路縮短2.6km，普通列車的最高速度由70km/h提高到近160km/h，列車的通過能力大大提高，昌圖站及站內股道改造為京哈鐵路既有線上開通CRH動車組起到關鍵性作用。2015年，昌圖站2站臺6道實現了電氣化，屆時昌圖站列車接發(fā)能力得到提升（2條正線及3條到發(fā)線，到發(fā)線有效長度1050m）2018年4月15日-5月2日期間，昌圖站已進行為期半個月的高站臺改造。目前，昌圖站已改造完畢，改造后的昌圖站擁有兩座550m長的高站臺，下行到發(fā)線1條（3道），下行正線1條（1道），上行正線1條（2道），上行到發(fā)線2條（4道及6道），專用線1條（8道）。