哈密南火車站位于哈密市城西偏南一點(diǎn)，在花園鄉(xiāng)的地界上，東臨哈羅公路，距市區(qū)約7公里，距鬧市區(qū)領(lǐng)先廣場約10公里，距現(xiàn)在的哈密火車站直線約7公里，公路曲線約13公里，在現(xiàn)哈密車站的西南方向。鐵路位置：哈密南火車站位于哈密貨車南環(huán)線的中間地帶，由于既有蘭新鐵路通過哈密城鄉(xiāng)呈東南西北走向，哈密貨車南環(huán)線設(shè)計通過城鄉(xiāng)以哈密南站為拐點(diǎn)，向東到達(dá)哈密東站是東西走向，長11公里，向北到達(dá)火石泉站是南北走向，長17公里。