1992年4月1日，杭州東站作為原中華人民共和國鐵道部"中取華東"重點工程之一的杭州樞紐的配套工程正式投入使用。2008年12月27日，杭州東站擴建工程奠基，由鐵道部、浙江省、杭州市共同出資建設(shè)。2009年，杭州東站擴建工程被列入浙江省重點工程。2010年1月20日，因原滬杭高速鐵路的開工建設(shè)，杭州東站正式停辦客運業(yè)務(wù)，并在接下來的兩年時間內(nèi)進行原址重建。原在杭州東站辦理客運業(yè)務(wù)的列車已被分流至杭州站和杭州南站。2010年6月1日，杭州東站鐵路樞紐成功澆筑首孔鐵路雙線現(xiàn)澆箱梁，標(biāo)志著杭州東站鐵路樞紐線上工程高性能混凝土拌和供應(yīng)生產(chǎn)大干正式拉開了序幕。2010年9月8日，杭州東站樞紐東西廣場綜合體項目一期工程開工。2010年12月17日10時，杭州東站改擴建工程首座特大橋--浙贛繞行上行線改線特大橋順利架通，成功為杭州鐵路樞紐東站改擴建工程全線通車的節(jié)點目標(biāo)奠定了堅實基礎(chǔ)。2010年12月21日上午8時，杭州鐵路樞紐東站擴建工程既有德勝路公鐵立交橋正式開始拆除。2011年3月31日凌晨，杭州東站擴建工程站場既有線8道成功轉(zhuǎn)入新線路3道，標(biāo)志著東站工程年內(nèi)第一次轉(zhuǎn)線任務(wù)完成。2011年4月16日前夕，杭州東站擴建工程既有9道成功轉(zhuǎn)入新建4道，標(biāo)志著杭州東站站場原既有軌道轉(zhuǎn)線任務(wù)全部完成。2011年04月18日上午，滬杭高鐵東站線最后一片梁板鋪設(shè)完成，至此，上海虹橋至杭州東站高鐵全線合龍。2013年3月20日，杭州東站掛起標(biāo)識牌。2013年6月30日上午8點，杭州東站正式對外售票并對社會開放。2013年7月1日，杭州東站正式投入運營。2014年1月1日，杭州東站西廣場投入使用。