普灣站站房綜合樓候車大廳面積920.5平方米，售票廳面積97.24平方米。有3臺自動售票機(jī)、3個人工售票窗口和1個殘疾人售票窗口。由于站臺與站房地面一平，從普灣站站房進(jìn)入1號站臺，檢票后可經(jīng)大廳后門直接進(jìn)入站臺登車。進(jìn)入2號站臺也要經(jīng)過地下通道穿越鐵路線，再經(jīng)過南北階梯通道。地下通道入口設(shè)在候車大廳北側(cè)，有通行階梯和自動扶梯及殘疾人自動扶梯，下至地下通道，穿越鐵路線至東側(cè)的南北階梯通道，最后上至2號站臺。