2009年2月26日，原滬杭高速鐵路正式開工建設(shè)，全線共設(shè)車站9座，包括原余杭南站（現(xiàn)余杭站）。2010年10月17日，余杭站正式進入試運行階段。2010年10月26日，隨著原滬杭高速鐵路正式通車運營，余杭站正式開通運營。2020年7月1日，隨著鐵路運營調(diào)整，部分高鐵列車改由余杭站始發(fā)。截至2010年10月，余杭站站房面積13000平方米，采用“下進下出”的流線模式組織客流。 余杭站總長度約174米，外立面主打橫線條，車站主體為地上二層島式車站，是原滬杭高速鐵路上唯一一座建在高架上的車站。車站設(shè)計結(jié)合良渚文化元素，打造一座“玉琮城”，形成“高鐵+地鐵+物業(yè)”綜合體，集商業(yè)、辦公、居住、旅游等多種功能于一體。